重大建设项目的申报操作是一个涉及多个环节和要求的过程，主要包括以下步骤：

1.项目单位根据申报通知要求，准备符合申报条件的项目。这包括从线上（国家重大建设项目库）和线下（项目单行材料）两条线进行申报。

2.线上申报时，拟申报中央预算内投资项目基本信息由项目申报单位经互联网端口录入国家重大建设项目库，并推送至属地发改部门。由属地发改部门会同行业主管部门进行筛选审核，并将最终通过审核的项目纳入国家三年滚动计划库，逐级推送。

3.线下申报时，项目业主单位需要准备项目申报材料，包括资金申请报告、项目审批（核准、备案）文件、真实性说明、资金承诺函等单行材料，并同步报送至属地发改部门。资金申请报告应包括项目单位的基本情况、项目的基本情况、项目列入三年滚动投资计划情况、申请投资补助或者贴息资金的主要理由和政策依据，以及其他内容。

4.项目单位应对所提交的资金申请报告内容的真实性负责。此外，项目单位还需要根据归口情况选择本级发展改革部门作为审核单位，并在各项信息填写齐备后完成注册，并通过注册邮箱进行身份验证，完成账户激活。

5.项目申报单位在填报区通过新增录入基本信息、投资情况、前期工作、PPP项目等信息。入库项目应当符合使用国家重大建设项目库加强政府投资项目储备等相关管理要求。

6.项目申报单位根据项目实施进度，完成相应阶段的信息填写。在PPP项目进行储备时，完成PPP项目基础信息的填写；在完成实施方案编制后，填写实施方案编制阶段的有关信息；在获得实施方案批复后，填写实施方案审查及确定阶段的有关信息；在选定社会资本方后，填写社会资本方遴选阶段的有关信息；在签署正式合同后，填写合同签订阶段的有关信息。

7.项目库实行动态管理，对项目推进过程中确定不再采用PPP模式的项目，由各级发展改革部门确认其取消实施PPP，已填报的项目信息继续在项目库中保存。